Diretoria de Ensino e Instrução
É a Diretoria que coordena a Seção Técnica, Seção de Meios, constituído por Laboratório, Videoteca, Biblioteca, Centro de Atividades Lúdicas e as Seções de Coordenação de Ensino Fundamental II, da 5ª a 8ª séries, Coordenação do Ensino Médio. Trabalha com a Direção Pedagógica nas questões curriculares, nas atividades pedagógicas como planejamento, seminários, excursões, aulas de campo, etc.
Comando do Corpo de Alunos
Coordena as formaturas rotineiras e especiais, localização do aluno no pátio interno, disciplina, fardamento, atrasos, permissão para entrar no colégio, relacionamento no colégio, monitores. Acompanha, fiscaliza, monitora e coordena as series nas atividades curriculares e extracurriculares, comunicação aos pais, professores e alunos nas questões disciplinares. Controle a freqüência dos alunos às aulas. Tem seu funcionamento na monitoria. Coordena as atividades escolares seguindo os princípios de Instrução Militar que regem a filosofia do colégio.
Monitoria
É a subseção ligada ao Comando do Corpo de Alunos Fiscaliza a apresentação pessoal dos alunos na formatura, controla a freqüência do aluno, acompanha o aluno nas aulas de instrução militar, auxilia o professor na questão disciplinar, auxilia e acompanha atividades extra classe. É o elo entre o aluno e o Coordenador de Ensino.
Biblioteca
Órgão responsável pela seleção, guarda, organização, divulgação e empréstimo dos livros e outras formas de informações, cuja a função é auxiliar os alunos do CMT III na realização de suas pesquisas escolares, incentiva e apóia as atividades de leitura informativa e recreativa, bem como servir ao corpo docente.
Conselho Escolar
O conselho Escolar destina-se a promover uma prática educativa e democrática em função da melhoria na qualidade de ensino e desempenho social do colégio.